NGSに関するQ&A
お問合せの中から、よくいただくご質問を掲載しています。
- NGS法とLuminex法によるタイピング結果を合わせて見るときは、
4桁（第2区域）までを参考にしたら良いでしょうか？ - その通りです。
- 検査結果が4ケタ（第2区域）までしか表記がないものがあるのはなぜですか？
- 第3区域のアリルが未だにIMGTに報告（公認）されていないアリルは、第2区域までの結果報告になります。
- 報告書のタイピング結果内にある「－」はどういう意味ですか？
- 日本組織適合性学会HLA標準化委員会の表記法に基づき、アリルが1つしか検出されなかった場合は「－」を表記しています。
ただしDRB3/4/5では2つの意味があります。1つは上記と同じ意味です。2つ目としては、検出されなかったという意味です。
なぜなら、DRグループは発現遺伝子として、DRB1のみ持つものとDRB1とDRB3, DRB4もしくはDRB5を持つグループがあります。つまり、HLAタイプによってはDRB3/4/5を持たないヒトもいます。
- サンガー法とはどう違うのですか？
- サンガー法では、ある位置の配列について両親由来DNA、2本を一度に決定するのに対し、NGS法ではDNAを1本ずつ別々に決定することが可能です。
そのため、塩基配列の組み合わせによるアンビギュイティ(=フェーズ・アンビギュイティ)による曖昧さがなくなった高精度なタイピングが可能です。
- 検査に必要な検体は何ですか？
- 血液・スワブ・DNAのいずれか1つで検査可能です。LABCardは検査対象外です。
- 保存検体でも検査できますか？
- 検査できます。ただし、お預かりしている検体がフィルター検体の場合は、NGS法による検査対象外です。その場合は、もう１度スワブもしくはEDTA血をお送りください。
- Class IのみもしくはClass IIのみでの検査やローカスごとの検査は可能ですか？
- 現在は11座すべてを検査対象としております。研究などで検査したい場合はご相談ください。
- 使用している試薬・機器は何ですか。？
- 試薬はShort-range系のScisco Genetics社、機器はIllumina社のMiseqを使用しています。
